2031 (Tierra Actual)
Dana Sterling y Bowie Grant cumplen 18 años, se gradúan de la Academia de la Cruz del Sur, y son asignados al 15vo Escuadrón Armado Táctico Alpha (Alpha Tactical Armored Corps, A.T.A.C.), el que incluye a Sean Phillips, Angelo Dante, y Louie Nichols.

Los Maestros de la Robotecnia llegan a la órbita de la Tierra para recuperar la Matriz de Protocultura de Zor hallada en el SDF-1 por los sobrevivientes de su raza y la Segunda Guerra Robotech comienza. El agotado Satélite Fábrica Robotech es enviado en una órbita elíptica a Plut6n para mantenerlo alejado de los Maestros.

Dana Sterling es promovida al rango de 2do. Teniente después de que el ex-oficial Sean Phillips fue reducido al rango de cadete, luego de una relación con la hija de un general.

Las comunicaciones con la Estaci6n Espacial Libertad, la única línea de comunicación para la REF, ha sido cortada.

Batalla en la Base Aeroespacial Fokker. Dana es promovida al rango de 1er. Teniente después de movilizar al 15º Escuadrón (sin autorización) y dejar su puesto para apoyar de manera contingente a las fuerzas que ya estaban derrotadas en la base. Dana tienen su primer encuentro con le lider rojo de los Bioroid.

Dana, Bowie y Angelo se ofrecen voluntariamente para la misión de reestablecer las . comunicaciones con la Estación Espacial Libertad. Dana y Bowie ven a Zor Prime (Piloto del Bioroid Rojo) por primera vez en el sitio del SDF-1. Son descubiertos y Bowie es capturado. Dana lidera una misión de rescate no autorizada para Bówie disfrazada como una patrulla nocturna de rutina.

Louie Nichols del 15vo Escuadrón descubre una debilidad en las ciudades-nave Robotech y una misión es preparada. La nave insignia de los Maestros de la Robotecnia es desestabilizada y choca cerca de Ciudad Monumental.

El Ejército de la Cruz del Sur converge sobre la nave Robotech que ha caído, pero todas las acciones son inofensivas contra ella. La Teniente Marie Crystal del Escuadrón Espacial Armado Táctico es herida en combate y es rescatada por Sean Phillips.

Al 15vo Escuadrón se le ordena entrar a la nave alienígena para una misión de reconocimiento. El escuadrón es separado y Bowie conoce a Musica. Dana y Louie descubren que los habitantes de la nave alienígena no son androides, pero son clones. Con el 15vo escuadrón reunido nuevamente, Dana captura un Bioroid que es examinado con sumo cuidado por el Profesor Zand.

Otra nave de la flota de los Maestros de la Robotecnia desciende a la Tierra y eleva a sus camaradas caídos de vuelta a la órbita. Dana Sterling pierde a un espía de la GMP (Global Military Police, Policía Militar Global) durante el combate.

La nave del Mayor Carpenter llega a la Tierra e intenta inútilmente obstruir a los Maestros de la Robotecnia, pero se eliminan a sí mismos. Los sobrevivientes son recogidos por el 15vo Escuadrón ATAC.

Zor Prime es infiltrado al 15vo Escuadrón. Sin saberlo él ni el 15vo Escuadrón, es utilizado como un espía por los Maestros. Musica rechaza a Karno, el compañero elegido para ella, pues no deja de pensar en Bowie Grant, a quien conoció durante el choque sobre la Tierra.

2032 (Tierra Actual)
Los nuevos VT Helicópteros de Ataque Armados son producidos y preparados para la primera onda de ataque contra las naves alienígenas. La onda de ataque es desestabilizada de mala manera y se refugia en la Base Lunar ALUCE.

El Sensor Invid Nebula viene dentro del rango de rastreo de las ciudades-nave de los Maestros de la Robotecnia.

En la Tierra, Dana y Bowie van al lugar del viejo SDF-1 y son testigos del florecimiento de la Flor de la Vida en los motores reflex del SDF-1. Ven la Primera Matriz, pero no se dan cuenta que ella está decayendo.

Una segunda onda es preparada y el General Emerson será el oficial al mando de la misión, dando una oportunidad a los sobrevivientes de la primera onda de regresar a la Tierra con sus heridos.

El Sistema de Fijación de Puntos por Pupila de Louie Nichols es integrado dentro de los sistemas de armamento de los Veritechs sin su consentimiento.

Los Escuadrones ATAC reciben órdenes de atravesar las defensas de la nave insignia alienígena e intentar destruirla desde el interior. Zor, ahora bajo el poder de los Maestros de la Robotecnia, vuelve al 15vo Escuadrón e intenta capturarlo, pero éste se dispersa y explora separadamente toda la nave. Bowie encuentra a Musica nuevamente y ambos se enamoran. Finalmente, el 15vo Escuadrón es capturado, pero son liberados por Musica. Zor es llevado al Laboratorio de Manejo de Memoria para ser reprogramado. El 15vo Escuadrón se apresura e interrumpe el proceso durante la reinstalación de su memoria. Zor destruye el núcleo de poder de la nave, provocando la destrucción de la nave y el 15vo Escuadrón abandona la nave alienígena con Musica, a bordo de sus hovertanks. De algún modo, Zor logra escapar ileso. Los Maestros de la Robotecnia se transfieren a diferentes naves para continuar su misión por la matriz.

La nave insignia del General Emerson es destruida y él, la Teniente Crystal y el Teniente Dennis Brown son tomados prisioneros por los Maestros de la Robotecnia.

Nova Satori de la Policía Militar Global ordena el arresto y aprehensión de la "alienígena" Musica para interrogarla, pero es incapaz de encontrarla; Bowie la ha llevado al sitio donde yace el SDF-1 para ver las Flores de la Vida. El 15vo Escuadrón sigue su rastro, Nova va tras el 15vo Escuadrón y Zor va tras Nova. Zor ve las Flores de la Vida y su memoria resurge y se convierte en el Zor original.

Los Maestros de la Robotecnia negocian con la parte de Emerson para que Zor y Musica les sean devueltos.

La nave insignia de los Maestros desciende hacia el sitio del SDF-1, esperando recuperar la Matriz antes de que mute dentro la Flor de la Vida, entonces la Matriz se volverá inútil. Las Flores también llamarán al Sensor Invid Nebula, arrastrando a los Invid a la Tierra en cuestion de días.

Todas las fuerzas del planeta se unen en Ciudad Monumental para una batalla final contra los Maestros. Como resultado, Ciudad Monumental es arrasada y no hay sobrevivientes. El Comandante Leonard y su equipo también son asesinados.

Los Maestros son asesinados por Zor y Dana - después de tocar los dos controles de un contenedor de Flores de la Vida de los Maestros de la Robotecnia - tiene una visión de la llegada de los Invid, comunicada telepáticamente a ella por su hermana menor, Aurora.

El 15vo Escuadrón, Marie, Dennis y el resto de la población clon de los Maestros abandona la nave siniestrada en transportes y aterriza cerca del sitio del SDF-1.

El intento de Zor Prime de destruir la nave insignia de los maestros resulta en la pérdida de las Flores de la Vida desde la Matriz de Protocultura oculta dentro de los controladores de transposición del enterrado SDF-1; las esporas cubren el planeta y la Flor echa raíces, alertando al Sensor Nebula de la Regis. La primera Matriz Muere.

El General Emerson, Octavia (una de las hermanas del Triunvirato de Musica), Zor Prime y Lazlo Zand mueren.

Fin de la Sequnda Guerra Robotech