2032
Max, Miriya y Aurora Sterling llegan a Tirol desde Haydon IV.

Los Invid "desaparecen" desde la esquina de la galaxia de Tirol. Se presume que la Regis ha iniciado su ataque contra la Tierra.

Optera es totalmente sembrado con las Flores de la Vida y es entregado a los desamparados Praxianos, quienes bautizan al planeta como "Nuevo Praxis". Las Flores se convierten en la cosecha para una nueva matriz de Protocultura de Segunda Generación creada por Rem, quien la ha manejado para empujar las memorias de su progenitor Zor. Esta Matriz de Segunda Generación es distinta a 1a Primera Matriz.

El Grupo Veritech de Marte deja Tirol con Scott Bernard, de 18 aftos de edad, a bordo. El Dr. Lang ha sido capaz de reducir el tiempo real de la transposición de 5 a 2 años durante el viaje.

La nave de Jonathan Wolff aparece en el Sistema Solar. Un movimiento subterráneo anti-lnvid es establecido antes de la llegada de la Regis. Dana Sterling comanda la nave de Wolff después de que los controladores de transposición son retroajustados con una unidad perfeccionada por quien fuera el niño prodigio del 15vo Escuadrón ATAC, Louie Nichols, y se transposiciona a la órbita de Tirol.

El Satélite Fábrica Robotech regresa a la órbita terrestre desde Plutón.

2033 (Tierra Actual)
Llegada de la Regis Invid. Su ejército de soldados y mechas reunido nuevamente destruye el Satélite Fábrica y derrota fácilmente a las debilitadas defensas de la Tierra. Colmenas y granjas son repartidas alrededor del mundo, y algunos cautivos terrestres son forzados a trabajar en campos de labores en Canadá, cosechando Flores y procesando nutrientes para usar en el Terrible Arsenal de la Regis y su batallón. La Regis dirige algunas investigaciones acerca de la anatomía y emociones humanas.

Lancer/Yellow Dancer y Rook Bartley son capaces de encontrar y usar los Cyclones prototipo de la resistencia subterránea. El Coronel Wolff funda una ciudad en el Oeste de los EE.UU.

2034 (Tierra Actual)
La Almirante Lisa Hunter continúa al mando del SDF-3.

Llegada de Dana Sterling a Tirol. Con ella están Bowie Grant, Sean Phillips, Angelo Dante, Musica y Allegra y algunos de los clones de los Maestros.

La fotoperiodista Sue Graham desarrolla un enlace para el Almirante Rick Hunter, pero Lisa Hunter frustra sus intenciones.

Los Guerreros Sombra y los misiles de neutrones "S" son diseñados por la REF para el asalto contra la Tierra. La transposición instantánea se convierte en una realidad para las nuevas naves de la flota principal.

Llegada y derrota del Grupo de Ataque de Marte enviado por la REF.
La prometida de Scott Bernard, Marlene Rush, muere con la nave insignia del Grupo de Marte.
Scott Bernard se estrella sobre la Tierra en Sudamérica, pero continúa con su misión: Alcanzar el complejo colmena central de la Regis, denominado Punto Reflex. Está localizado en lo que se conociera una vez como el estado de Kentucky en los EE.UU.
Cruzando el desierto sobre su Cyclon, conoce a Rand, quien recien ha descubierto los restos de nave insignia del Grupo de Marte y disfrutaba conduciendo su recién adquirida Cyclon cuando aparecen los Invid scouts. Scott se encarga de los scouts y los destruye fácilmente con la armadura reconfigurable del Cyclon.
Scott y Rand se acercan a Ciudad Laacko donde recogen a Annie Labelle. La población de la ciudad los vuelve contra las Tropas de Choque Invid, pero con la ayuda de la misteriosa motorista del Cyclon rojo, las Tropas de Choque son despedazadas. La motorista del Cyclon rojo desaparece.
Scott y compañía llegan a un pueblo polvoriento y concurren a un club donde ven y conocen a la famosa cantante Yellow Dancer. Un alboroto se inicia y Scott lo finaliza rápidamente con un tiro de su blaster. Aquí conocen a la misteriosa motociclista del Cyclon rojo, Rook Bartley inicialmente miembro de una pandilla motorizada, los Angeles Azules. Ella, Lancer (un combatiente Robotech por la libertad en el papel de una cantante, Yellow Dancer), y William "Lunk" Benovitch (un antiguo ingeniero de biomantenimiento Robotech) se unen a Scott en su viaje a Punto Reflex. Lunk provee a Scott con un Alpha Fighter operacional y en perfecto estado.
El equipo de Scott descubre que los Invíd pueden sentir la presencia de las emanaciones de Protocultura.
El equipo de Scott realiza una detención de descanso en Norristown, una ciudad que respalda a los Invid y que también es una fortaleza de Protocultura Invid. Utilizando un concierto de Yellow Dancer como distracción, el equipo se hace de un camión cargado de baterías de Protoculturac (ombustible para sus mechas Robotech). Scott Bernard realiza la observación de que la Protocultura Invid parece ser más poderosa que la Protocultura de Segunda Generación de Tirol.

Una noche, Rook regresa a su pueblo natal para arreglar una disputa la cual la ha complicado desde que ella parti6. Sin que ella lo sepa, ha despertado la curiosidad de Rand y él la sigue. Ella tiene un enfrentamiento con el líder de las Serpientes Rojas, quien ha hostigado al pueblo desde que su ex novio Romy había separado a los Angeles Azules.

El equipo se aproxima a Roca Negra. Lunk intenta cumplir la promesa hecha a un amigo para regresar un libro a su padre, Alfred Nader, un hombre inteligente que hablaba claro contra la esclavitud Invid, fue asesinado por la gente del pueblo por miedo a que él les pusiera en peligro.

El equipo encuentra al Coronel Wolff y su movimiento subterráneo contra los Invid. Por meses, Wolff ha estado dando soldados Robotech a los Invid a cambio de baterías de Protocultura y la posible entrega de su esposa e hijo prisioneros. Comprendiendo el grave error de sus actos, Wolff, en el VT de Scott, ayuda al equipo en una corta escaramuza con los Invid y es herido mortalmente. El Coronel Jonathan Wolff muere.

La Regis realiza clonaciones en los Pozos de la Génesis (similares a los existentes en Praxis) para que sus Invid adquieran la forma final que debieran tomar para su nueva vida en la Tierra.

Scott, Rand, y Annie, en medio de una misión de exploración, descubren uno de los Pozos del Génesis de la Regis. La Regis los observa telepáticamente a través de Annie. Durante un terremoto, el Pozo de la Génesis es destruido con todas las formas de vida desarrolladas en él.

La simulagente Ariel (clonada de un cuerpo humano femenino encontrado en el naufragio de una nave insignia de la División de Marte) nace y es plantada en la ruta que el equipo de Scott está encabezando.
El equipo se aproxima al Punto K, una cita para todas las unidades sobrevivientes de la fuerza de invasión de Scott, consistente en cerca de unos mil veritechs, unidades terrestres, mechas de asalto, repuestos, y municiones. Pero en lugar de encontrar una base, hallan un cementerio de naves. Los Invid ya habían elimininado a todas las fuerzas en el Punto K. El equipo ingresa al área en búsqueda de artillería pero Scott se aisla. Rand y Rook exploran el área y encuentran a Ariel en un pueblo cercano. Ariel, al igual que un niño recién nacido, no ha aprendido a hablar. Rand y Rook suponen que ella está en shock. Lunk y Lancer descubren dos Alpha Fighters operacionales y un Beta Fighter intacto entre el naufragio. El grupo se reune para reportar sus hallazgos y Ariel recibe el nombre de Marlene, por su parecido con la ya fallecida prometida de Scott, Marlene Rush.

2034
El equipo se aproxima a una cadena montañosa y es rápidamente advertido por el pueblo cercano, Deguello, qüe las montaftas son patrulladas constantemente por la fortaleza Invid construida allá. Un mapa de las rutas secretas para pasar a través de las patrullas les fue vendido, pero a través de la antigua novia de Lancer, Carla, ella le revela que los mapas son un fraude y los ciudadanos que los compran y siguen el mapa van a su perdición.
Para atacar la fortaleza, los sensores de Protocultura deben ser destruidos para prevenir la detección de la entrada de mechas Robotech. Rand y Annie se ofrecen voluntariamente y encuentran estos aparatos orgánicos, una derivación de las Computadoras Vivientes del Regente. Rand y Annie eliminan exitosamente el sensor y la fortaleza es destruida casi atrapando a Scott y su veritech en el interior antes de la explosión. Seott ve de cerca una Fábrica de Protocultura Invid.

La Regis pierde contacto con la simulagente Ariel como resultado de interactuar con los humanos y sus emociones. Ariel/Marlene ha estado transmitiendo información sobre el equipo de manera telepática, sin que se sepa.

Rand, atrapado en una tormenta de arena, inhala el pólen de unas Flores de la Vida y sueña con la verdadera razón por la cual la Regis está en la Tierra.

El equipo entra a una región del bosque del Amazonas que una vez fue controlado por los Zentraedi durante las insurreciones de Descontento. Los micronianos fueron esclavizados entonces y los habitantes han estado reducidos a niveles primitivos en la actualidad. Lancer, confundido con una mujer, es secuestrado. El equipo rescata a Lancer y libera al valle de las Tropas de Choque de los Invid. Ellos construyen balsas para descender una corriente pasando una colmena Invid pero Annie los deja para convertirse en la reina de la selva junto a Magruder, un joven Tarzán.

La Regis transmuta a dos de sus hijos en el Príncipe Corg y la Princesa Sera, y diseña un nuevo tipo de armadura corporal Invid, llamada Enforcer.

El equipo de Scott entra a una antigua ciudad abandonada pero son seguidos por los Invid. Después de refugiarse en una antigua estación de tren subterráneo, el Invid cava en las salidas del tren subterráneo esperando enterrar a los rebeldes Robotech. El equipo piensa hacer un incendio. Ya en la superficie, Annie se une nuevamente al equipo

El principe Corg y la Princesa Sera son transmutados a una forma humana y se les ordena salir a buscar a la simulagente Aríel debido a las fallas en su funcionamiento. La Regis crea por segunda vez un grupo de nuevas armaduras, llamadas Retaliator, para los invid humanoides.

El equipo encuentra unas embarcaciones navales n poco abandona-das desde la Segunda Guerra lobotech para cruzar lo que aparenta ser el Golfo de México.

Se prepara una trampa para las patrullas invid y Rook es herida en el combate.

Toman un descanso en lo que alguna vez fura un hermoso resort en la playa. Lancer corre tras la Princesa Invid Sera y reporta a Scott que los Invid están utilizando pilotos sanos para sus mechas. Sera es perturbada por su primer encuentro con las emociones humanas - que provocadas en ella a causa de Lancer.

Sera prepara una emboscada para los rebeldes en un paso de una alta montaña cerca de Baja alifornia. Al ver el rostro de Lancer, Sera duda un momento muy pronta a dar la orden de fuego y los rebeldes escapan. Sera se encuentra con Ariel por primera vez, y evoca las memorias raciales en Ariel/Marlene.

El equipo de Scott se encuentra con una de las naves y su tripulación que eran parte de la derrotada flota del Mayor Carpenter procedente de Tirol. La nave y la tripulación se sacrifican osadamente para destruir una colmena Invid. Se presume que toda la tripulación muere.

El equipo entra a las Montaftas Rocosas y halla la ciudad de Denver (pero en realidad se trata de un refugio subterráneo secreto llamado Delta Seis) enterrado bajo el hielo. Reacondicionan su equipo y exploran la ciudad. Scott y Marlene se enamoran. Mientras está en búsqueda de los rebeldes, Corg los descubre en la ciudad y ataca. El equipo escapa exitosamente y auto-destruyen la central de energía de la ciudad y entierran la ciudad una vez más. Corg se encuentra con Ariel por primera vez.

El equipo prepara una fiesta sorpresa de cumpleaños para Annie.

El equipo persigue a Dusty Ayres, un espécimen humano capturado por los Invid para experimentar, reemplazando la totalidad de su lado derecho con órganos generados con la Protoculturá sin el uso de anestésico alguno. Sus compañeros de escuadrón fueron incapaces de rescatarlo. El prosigue en la guerra con todos los soldados Robotech y Scott es rodeado por una pandilla para cazarlo hasta que los Invid atacan. Con algo de ánimos por parte de Rook, Dusty ayuda a 8cott en la batalla y es asesinado por un Enforcer Invid.

La liberación de la ciudad de Mannhattan (antiguamente Ciudad de Nueva York). Sera se encuentra con Ariel/Marlene nuevamente y le pregunta por qué no se ha reportado a la Regis. Ariel/Marlene es ignorante del hecho de que ella es un Invid.

2035
El ala de ataque de Júpiter llega al Sistema 1 (Tierra Actual)
Solar y es derrotada. La fotoperiodista Sue Graham pone al día a Scott y su equipo de la situación actual de la flota principal de la REF. Los Guerreros Sombra son presentados. El
único cafton Sincro (adaptado por el Dr. Nichols) traido es destruido. Graham ve un
Invid con el cuerpo de un humano. Marlene y el equipo rebelde descubren que Marlené es una
Invid. Sue Graham muere.

Una nave espacial clase-SDF es hecha por los Karbarranos para que los Terrestres la usen como nave de mando, similar al SDF-3.

[Lisa Hayes lo describe como un "caldero"].

Las naves de la flota principal de la REF (Grupos Saturno y Neptuno) se transposicionan desde Tírol a la Tierra bajo el mando del General Reinhardt. El utiliza las bases Lunares para reabastecer sus naves espaciales, y entonces ataca el Punto Reflex desde el espacio y la tierra. El equipo de Scott se une con las fuerzas de infantería con los Guerreros Sombra transformando al grupo de ataque principal en el espacio.

Ariel/Marlene conduce a Scott y a su equipo dentro de la colmena hogar para hablar con la Regis.

Scott combate con Corg y es alcanzado por un disparo. Rand también es alcanzado por un tiro de Corg y es herido. Scott regresa en el Beta fighter y asesina a Corg.

Luego de ver a las líneas de defensa de la REF deshacerse, el General Reinhardt ordena el lanzamiento de los misiles de neutrones "S'. Al ver esta amenaza, la Regis y sus niftos dejan el planeta bajo la forma del espíritu de un fénix, aniquilando al resto de las naves de la REF y sus tripulaciones que se encontraban orbitando el planeta en el proceso.

El SDF-3 falla en su aparición en el Sistema Solar. Rick cumple 40 años (o 45 en anos cronológicos); Lisa cumple 45 anos (o 50); Roy cumple 5 anos.

Luego de enamorarse de Lancer, Sera decide quedarse en la Tierra. Marlene también decide quedarse.,

Fin de la Tercera Guerra Robotech

Durante el concierto final de Yellow Dancer, Lancer revela su género e identidad.

Scott Bernard, en un Alpha-Beta fighter rescatado, deja su pasado, sus amigos, y la Tierra tras de sí para regresar a Tirol para empezar la búsqueda de la desaparecida o perdida fortaleza de batalla SDF-3.